Les Tortues Ninja 3 est un film qui déçoit largement, notamment en raison de son ton enfantin et ridicule, qui ne parvient pas à faire rire et qui se contente de reprendre des gags clichés. Les costumes des tortues sont également jugés ridicules et les effets spéciaux sont de mauvaise qualité. Le scénario est considéré comme peu crédible et les combats ne sont pas palpitants. Le film est souvent qualifié de "navet" et de "nanar" et est jugé comme le moins bon de la trilogie. Les seuls éléments positifs qui sont parfois mis en avant sont la sympathie et l'attachement que l'on peut éprouver pour les tortues, ainsi que quelques scènes amusantes, mais cela ne suffit pas à sauver le film de ses nombreux défauts. Dans l'ensemble, les critiques s'accordent pour dire que ce film est une déception et qu'il est préférable de regarder les deux premiers opus de la trilogie.