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Années 1910, Kodô Iwamoto est élève au collège Seihô, un établissement sous tutelle de l'armée. Sur ordre de sa hiérarchie, il se rend aux quatre coins du Japon pour enquêter sur des phénomènes surnaturels. Dans un village où tombe une étrange "neige noire", il fait la connaissance de Shizuma, un adolescent aux aptitudes mystérieuses. Le jeune homme considère ses dons comme une malédiction et ignore leur véritable potentiel, mais Iwamoto lui révèle alors qu'ils partagent tous deux un lien particulier, avant de lui remettre une lettre de recommandation pour le collège Seihô.