La série "Mystère" a suscité des réactions mitigées auprès des téléspectateurs. Certains ont apprécié son côté innovant et son univers fantastique, tandis que d'autres ont trouvé le scénario inconsistent et les acteurs mauvais. Le manque de suspense et la prévisibilité de l'histoire ont également été critiqués. Les comparaisons avec des séries américaines telles que "X-Files" et "Signes" ont été fréquentes, souvent pour souligner les défauts de la production française. Certains ont regretté la qualité des séries françaises d'antan, comme "Orages d'été" ou "Le vent des moissons", qui leur semblaient plus cohérentes et mieux interprétées. Quelques voix se sont élevées pour défendre la série, louant les performances de certains acteurs, comme Toinette Laquière, et l'originalité de l'histoire, mais elles sont restées minoritaires. Dans l'ensemble, la série a été jugée décevante et a suscité plus de critiques que d'éloges.